Třeboň leží v Južných Čechách, juhozápadným smerom od mesta Jindřichov Hradec. Mesto sa rozkladá v strede chránenej krajinnej oblasti Třeboňsko, ktorá sa vyznačuje veľkým množstvom rozľahlých rybníkov. Třeboň je aj obľúbeným kúpeľným strediskom. Návštevníci využívajú liečebné účinky tunajšej rašeliny.