Zaječí se nachází mezi městy Hustopeče a Břeclav. V těsné blízkosti prochází silnice I.třídy Brno – Břeclav a v blízkosti je i sjezd z dálnice v Hustopečích. Katastr obce Zaječí je značně protáhlý a dlouhý téměř 7 km. Jihozápadně se dotýká Dolní nádrže novomlýnské soustavy.